يعمل قمر الهدى محللاً لدى مركز تحليلات دول الخليج، وهو مركز مستقل غير حزبي يتخذ من واشنطن مقراً له. كما يعمل الدكتور أستاذاً مساعداً في جامعة جورج تاون. أسهم الدكتور في تأسيس مركز السياسة العالمي المهتم بدراسة السياسة الخارجية الأمريكية، والأمن العالمي، والشؤون الجيوسياسية للدول ذات الأغلبية المسلمة.
عمل د. قمر الهدى مستشاراً أولاً في مجال السياسات لدى مكتب وزير الخارجية في وزارة الخارجية الأمريكية، ومديراً لدى مركز التميز الدولي لمكافحة التطرف العنيف المعروف باسم “هداية” في أبوظبي. ويشار إلى أن الوكالة الأمريكية للتنمية الدولية والأمم المتحدة وصفتا التقرير الذي أنجزه الدكتور تحت عنوان “نقد برامج مكافحة التطرف العنيف في باكستان” بأنه إسهام مهم ضمن رصيد السرديات المتصلة بهذا المجال.
