- Müslüman Kardeşler (İhvân-ı Müslimîn) cematinin örgütsel yapısı, kurucusu Hasan el-Benna tarafından belirlenmiş ve “Selefi bir davet, Sünni bir yol, Sufi bir hakikat, siyasi bir yapı, sosyal bir düşünce, sportif bir grup, bilimsel ve kültürel bir cemiyet, ekonomik bir şirket” olması itibarıyla cemaatin kapsayıcılık düşüncesini teyit eden genel mesaja odaklanan görüşler, ilkeler ve ntelektüel temellere dayalı olarak ortaya çıkmıştır. Nitekim bu oluşum, cemaatin hedeflerine uygun kurumsal, örgütsel ve idari yapılarına eşlik etmiş, bilhassa “Hilafetin ihyası ve dünyanın üstatlığı” ile bağlantılı olarak bunları Mısır içinde veya dışında pratiğe dönüştürmeye çalışmıştır.
- Kurumsal ve idari yapılarıyla örgütsel yapı, bir yandan cemaatin ilkeleri ve düşüncelerini hayata geçirmenin, diğer yandan iktidara ulaşmak ve toplumda yerleşmeye yönelik siyasi projesini uygulamanın temel aracı olarak Müslüman Kardeşler cemaatinin liderleri nezdinde olağanüstü önem taşır.
- Mürşit ve ona bağlı kurumların rolü, cemaatin örgütsel y apısı içinde merkezi ve baskın bir konum kazanmış, her mürşidin genel karakteri bu yapıya ve Müslüman Kardeşler cemaatinin genel projesinin uygulanmasında üstlendiği rolün niteliğine yansımıştır. Yine alt düzeylerdeki idari yapılanmalar da (ofisler, komiteler, bölümler) organizasyonun yönetiminde son derece önem kazanmış, özellikle kriz zamanlarında esneklik ve adaptasyonunu artırmıştır.
- Özel Örgüt, bir yandan cemaate ilişkin kritik kararların belirlenmesinde, diğer yandan cihatçı, aşırı ve terörist örgüt ve grupların ortaya çıkışına kaynak teşkil etmesinde üstlendiği merkezi rolün niteliği dikkate alındığında, ortaya çıkışından günümüze kadar Müslüman Kardeşler cemaatinin örgütsel yapısının en önemli temellerinden biri olarak varlığını sürdürmüştür.
- Örgütsel ve idari yapı, Müslüman Kardeşler cemaatinin kurumsallaşmış olduğunu göstermekle birlikte cemaatin işlerinin yürütülmesinde izlenen yöntemde genel eğilim bireysel ve kişisel niteliklidir ve karar alma süreçlerinde mürşidin ve üst düzey liderlerin hakimiyeti söz konusudur. Örneğin, Şura Meclisi, Müslüman Kardeşler cemaatinin örgütsel ve hiyerarşik yapısı açısından üst düzeyde konumlanmasına ve geniş yetkilere sahip olmasında rağmen, bu yetkiler kısıtlıdır ve genel mürşidin onayına bağlıdır. Bu da meclisin, Batı nezdinde cemaatin imajını iyi gösteren bir vitrin veya formaliteden başka bir şey olmadığı anlamına gelmekte, cemaatin modern demokrasiye inandığı izlenimi vermektedir.
- Örgütsel ve idari yapının gelişmesi, Müslüman Kardeşler ile birbirini izleyen Mısır hükümetleri arasındaki ilişkinin bir yansıması olup bir anda olmuş değildir. Örneğin, iki Mısır cumhurbaşkanı; 1954’ten 1970’lerin başına kadar iktidarda kalan merhum cumhurbaşkanı Cemal Abdunnasır ve 2014’ten günümüze kadar iktidarını sürdüren mevcut cumhurbaşkanı Abdulfettah es-Sisi dönemi, çatışma ve çekişme ilişkisi açısından birbirine benzemektedir. Bu gergin ilişkinin en önemli sonuçları, cemaatin örgütsel ve idari yapısının küçülmesi ve kalabalıkları harekete geçirme kapasitesinin önemli ölçüde azalması olmuştur. Öte yandan merhum cumhurbaşkanları Muhammed Enver Sedat ve Muhammed Hüsnü Mübarek dönemlerinin başlangıcı, Müslüman Kardeşler cemaatine yönelik açılım, esneklik ve işbirliği yaklaşımı açısından birbirine benzemektedir. Bu iki dönemin en önemli çıktıları, cemaatin örgütsel ve idari yapısını önemli ölçüde yeniden yapılandırmış olması, dolayısıyla siyasal ve sosyal sahnede etkili bir taraf haline gelmesidir. Ancak Mübarek döneminin sonlarında güvenlik ve hukuki süreçler açısından ilişkiler çatışmaya doğru evrilip cemaat yasaklı ve yasadışı statüye döndürülmüştür.
- Müslüman Kardeşler cemaatinin örgütsel ve idari yapısı, süreklilik, dayanışma ve adaptasyon gibi bazı güçlü yönlere sahip olmakla birlikte, bazıları cemaat liderleri ile yeni genç nesil arasındaki anlaşmazlıklar, bazıları da Özel Örgüt mensuplarının kontrolü ve ulus-devlet konusundaki belirsiz tutum ile ilgili olan pek çok dengesizlik yaşamıştır. Ayrıca bu örgütsel yapı içindeki terfi süreci, yandaşlık ve akrabalık gibi kriterler temelinde yürütülmüştür. Dolayısıyla bu yapı, cemaatin Mısır’da iktidara geldiği dönemde (2012-2013) devlet işlerini yönetebilecek nitelikli kadrolar bulmakta başarısız olmuştur.
- Müslüman Kardeşler’in örgütsel yapısındaki güç ve zayıflık hipotezlerinin sınanması, Müslüman Kardeşler’in dahili sosyal, siyasal ve örgütsel değişkenlerine göre çeşitli derecelerde güç tezahürleri olduğunu göstermiş, kriz yönetiminde çok sayıda eksiklik yaşandığını ve 30 Haziran 2013 devriminden sonrasına kadar cemaatin karşılaştığı zorlukları ortaya koymuştur.
- 30 Haziran 2013 devrimi, Müslüman Kardeşler cemaatinin tarihinde bir kritik dönem teşkil eder. Zira cemaatin örgütsel ve idari yapısında ciddi bir sarsıntıya neden olmuş, şu anda durgunluk, donukluk ve boşluktan ibaret bir kısır döngü içinde hareket etmektedir. Bu durum, cemaatin geleceği konusunda liderler arasındaki anlaşmazlıklar ve bölünmelerde somutlaşmaktadır. Cemaatin, özellikle içeride ve dışarıda yaşadığı izolasyon karşısında saflarını yeniden düzenleyebileceğine dair hiçbir işaret de görülmemektedir.
- Mısır’daki Müslüman Kardeşler cemaati, iktidara geldiği yıl boyunca Türkiye’deki Adalet ve Kalkınma Partisi deneyimini izleyerek hareket etmiş, ayrıca devlete paralel güvenlik teşkilatları kurarken İran Devrim Muhafızları’ndan ilham almıştır.