La formación organizativa de la Hermandad, con sus estructuras institucionales y administrativas, es de vital importancia para sus líderes, quienes la consideran la principal herramienta para aplicar los principios e ideales del grupo sobre el terreno, por un lado, e implementar su proyecto político para llegar al poder y para controlar la sociedad, por el otro.
Desde sus inicios, el grupo ha estado interesado en vincular la formación organizativa con el aspecto ideológico, porque estaba consciente de que la cohesión de esta organización y su continuidad requieren creer en la ideología del grupo y en los valores que predica.
Así mismo, ha procurado, por otra parte, garantizar un papel primordial al guía general en su formación organizativa y ejecutiva, aunque la naturaleza de este papel ha cambiado de un guía a otro, según su carisma, cualidades de liderazgo y capacidad de influencia en los miembros del grupo.
Al mismo tiempo, el grupo ha dependido de las unidades organizativas, desde oficinas, comités y divisiones, para consolidar su penetración en la sociedad, concediendo al tema social una prioridad especial que le proporciona un apoyo en la sociedad que puede ser empleado para respaldar su proyecto político, como sucedió en las elecciones legislativas y presidenciales de Egipto en 2012.
Aunque la Hermandad Musulmana aprovechó la Revolución del 25 de enero 2011 para ganar el poder, suspendió en la prueba de gobernar. Quedó claro que su estructura organizativa y administrativa no lograron proporcionarle ni la experiencia, ni los equipos, ni los líderes que le habrían permitido ejercer de forma adecuada el poder en la práctica. Esto acarreó la Revolución del 30 de junio de 2013 y los posteriores acontecimientos y repercusiones que causaron el debilitamiento de su estructura organizativa y administrativa, sufriendo ahora de estancamiento, fragmentación y división.
