Avec ses structures institutionnelles et administratives, l’édifice organisationnel des Frères Musulmans revêt une importance particulière pour le leadership de la confrérie. C’est en effet l’instrument principal lui permettant, d’une part, de traduire les idées du mouvement dans la réalité et, d’autre part, de réaliser son projet politique d’accession au pouvoir et de noyautage de la société.
Dès le départ, la confrérie a veillé à lier l’aspect idéologique à l’aspect organisationnel, convaincue que le maintien de la cohésion de sa structure et sa continuité étaient tributaires d’une adhésion sans faille à l’idéologie et aux valeurs prônés par le mouvement. Elle a également veillé à conférer au Guide général un rôle central dans sa structure organisationnelle et militante, même si ce rôle varie en fonction du charisme du Guide, de ses capacités de meneur et de son aptitude à influencer les membres du groupe.
Parallèlement, la confrérie s’est appuyée sur ses unités organisationnelles, notamment ses bureaux, comités et divisions, pour renforcer sa présence dans la société en accordant une attention particulière aux questions sociales. Cette proximité sociale devait lui fournir un capital de sympathie pouvant être utilisé le moment venu à des fins politiques, comme ce fut le cas lors des élections législatives et présidentielles de 2012 en Égypte.
Bien que la confrérie ait exploité la « révolution du 25 janvier 2011 » dans sa quête de pouvoir, elle a clairement échoué dans son exercice, sa structure organisationnelle et administrative étant manifestement incapable de fournir les compétences requises pour exercer ce pouvoir dans les faits. C’est ce qui a conduit à la révolution du 30 juin 2013, qui a mis fin à ses ambitions politiques. Sa structure organisationnelle et administrative, qui a subi de plein fouet les retombées de cet échec, se trouve désormais englué dans la stagnation, les dissensions et les scissions.
