המבנה הארגוני של תנועת האחים המוסלמים על כל חלקיו המוסדיים והאדמיניסטרטיביים זוכה לחשיבות מיוחדת בקרב מנהיגי התנועה בשל היותו הכלי העיקרי הן לתרגום עקרונות התנועה ורעיונותיה הלכה למעשה במציאות והן ליישום הפרויקט הפוליטי של התנועה, שהוא תפיסת השלטון וקבלת סמכות מהחברה.
למן ראשית דרכה התנועה הקפידה לקשור בין המבנה הארגוני לבין האספקט האידיאולוגי, וזאת משום שלהבנתה, שמירה על לכידות מבנה זה והמשכיותו מחייב אמונה באידיאולוגיה של ובערכים שהתנועה מקדמת. התנועה הקפידה מצד שני להבטיח תפקיד מרכזי למזכיר הכללי (אלמורשד אלעאם) במבנה הארגוני והתנועתי שלה, אם כי טיבו של תפקיד זה משתנה בהתאם לכריזמה ולכושר המנהיגות של המזכ"ל וגם ליכולת ההשפעה שלו על חברי התנועה.
במקביל לכך, התנועה הסתייעה ביחידות הארגוניות כמו לשכות, ועדות ומחלקות כדי לבסס את אחיזתה בתוך הקהילה באמצעות מתן עדיפות מיוחדת לסוגיה החברתית על מנת לבנות לעצמה עורף חברתי שניתן לגייסו לתמיכה במפעל הפוליטי של התנועה כפי שנעשה בבחירות לפרלמנט ולנשיאות במצרים בשנת 2012.
גם אם תנועת האחים המוסלמים ניצלה את "מהפכת העשרים וחמישה בינואר 2011" כדי להגיע אל השלטון, היא נכשלה במבחן המשילות כאשר התברר שהמבנה הארגוני והניהולי שלה לא היה מסוגל להמציא כישרונות וקאדרים של מנהיגים שיכולים לממש את השלטון במציאות, מה שהוביל להפיכה נגדה ביום השלושים ביוני 2013 על כל ההתפתחויות וההשלכות שבאו בעקבות הפיכה זו, אשר החלישו את המבנה הארגוני של והניהולי של התנועה והפך למבנה מקובע, מפוזר ומפולג.
