- Struktur organisasi Ikhwanul Muslimun datang sebagai perwujudan dari visi, prinsip, dan landasan intelektual yang berpusat pada pesan awam yang ditetapkan oleh pendirinya, Hasan Al-Banna, yang menegaskan gagasan inklusivitas kumpulannya, kerana kumpulannya adalah paduan “dakwah Salafi, sistem (manhaj) Sunni, hakikat Sufistik, badan politik, gagasan sosial, kumpulan sukan, asosiasi ilmu budaya, dan unit ekonomi”, kerana konstruksi ini disertai dengan struktur kelembagaan, organisasi, dan administrasi matlamat kumpulan, serta menerjemahkannya di lapangan, baik di dalam maupun di luar Mesir, terutama yang berkaitan dengan tema "menghidupkan kembali kekhalifahan dan pengakuan dunia".
- Struktur organisasi; dengan struktur kelembagaan dan administratifnya sangat mustahak bagi para pemimpin Ikhwanul Muslimun, kerana ini adalah alat utama dalam menerjemahkan prinsip-prinsip dan gagasan kumpulan di satu sisi, dan melaksanakan projek politiknya untuk mendapatkan kekuasaan dan pemberdayaan komuniti di sisi lain.
- Peran mursyid dan badan afiliasinya telah memperoleh posisi sentral dan dominan dalam struktur organisasi kumpulan itu, dan ciri awam dari setiap mursyid dan sifat dari peran mereka dalam melaksanakan projek awam Ikhwanul Muslimun tecermin dalam konstruksi ini. Gedung administrasi tingkat bawah (pejabat, jawatankuasa, departemen) sangat mustahak dalam mengelola organisasi, kerana boleh meningkatkan fleksibiliti dan kemampuannya dalam beradaptasi, terutama di saat krisis.
- Hukum Khas (an-nizham al-khash) tetap menjadi pilar terpenting daripada struktur organisasi Ikhwanul Muslimun sejak ditubuhkan hingga saat ini, mengingat sifat dari peran mustahak yang dimainkannya dalam menentukan keputusan yang menentukan kumpulan di satu sisi, yang menjadi sebab asal mula munculnya organisasi dan kumpulan ekstremis dan pengganas di sisi lain.
- Meskipun dari segi struktur organisasi dan administrasi menunjukkan bahawa Ikhwanul Muslimun dilembagakan, metod pelaksanaan urusan kumpulan tersebut cenderung bersifat individu dan peribadi, mursyid dan pemimpin tertinggi sentiasa mendominasi pengambilan keputusan. Misalnya, Dewan Syura, meskipun berada di posisi yang lebih tinggi dalam kaitannya dengan struktur organisasi dan hierarki Ikhwanul Muslimun serta menikmati kekuasaan besar, kekuasaan ini tetap dihadkan dan tunduk pada mursyid ‘am, sehingga dewan ini tidak lain adalah fasad atau bentuk yang bertujuan untuk meningkatkan citra kumpulan ini di Barat dan memberi kesan percaya pada demokrasi moden.
- Perkembangan struktur organisasi dan administrasi Ikhwan merupakan cerminan hubungan antara mereka dengan pemerintahan Mesir yang secara berturut-turut tidak sejalan kerana terdapat kesamaan antara kedua presiden, mendiang Presiden Gamal Abdel Nasser, yang masa jabatannya diperpanjang dari tahun 1954 hingga mula tahun 1970-an; dan presiden saat ini. Abdel Fattah Al-Sisi, yang memulakan pemerintahannya dari Jun 2014 hingga sekarang. Hubungan (kedua presiden) ini bercirikan benturan dan konflik, dan hasil yang paling menonjol dari hubungan ini adalah pengurangan struktur organisasi dan administrasi Ikhwan, serta mengurangi kemampuan Ikhwan untuk menggerakkan dan memobilisasi massa secara signifikan. Sementara itu, permulaan dua periode kepemimpinan mendiang Presiden Muhammad Anwar Sadat dan Muhammad Hosni Mubarak memiliki kesamaan dalam menangani Ikhwanul Muslimun, yang dicirikan oleh keterbukaan, fleksibiliti, kerja sama, dan hasil yang paling menonjol adalah kejayaan Ikhwan dalam membina semula struktur organisasi dan administratifnya dengan cara yang hebat, yang menjadikannya sebuah parti yang berpengaruh di ranah politik dan sosial. Di penghujung era Mubarak, hubungan antara Ikhwan dan pemerintah berubah bentrok, tindakan pengamanan dan hukum yang menjadi imbas dari konflik tersebut membawa Ikhwan kembali ke lingkaran pelarangan dan ilegalitas.
- Sementara struktur organisasi dan administrasi Ikhwanul Muslimun dicirikan oleh beberapa aspek kekuatan seperti kontinuiti, kohesi, dan adaptasi, di sisi lain mereka memiliki banyak ketidakseimbangan, beberapa di antaranya terkait dengan konflik antara pemimpin dan generasi baharu dari kalangan pemuda, serta terkait dengan pengendalian anggota an-nizham al-khash, selain dari ambiguiti konsep mereka mengenai negara-bangsa. Selain itu, proses promosi dalam struktur organisasi ini berlangsung berdasarkan pertimbangan kekeluargaan dan afiniti, dan oleh kerana itu struktur ini gagal menemukan kader-kader yang berkualiti yang mampu mengelola urusan kenegaraan pada tahun di mana kumpulan tersebut berkuasa di Mesir (2012-2013).
- Menelaah hipotesis kekuatan dan kelemahan struktur organisasi Ikhwanul Muslimun, terungkap bahawa terdapat manifestasi kekuasaan yang derajatnya bervariasi sesuai dengan variabel sosial, politik dan organisasi dalam Ikhwanul Muslimun, serta banyak kekurangan dalam mengelola krisis dan cabaran yang dihadapi kumpulan ini sejak mula hingga pascarevolusi ke-30. pada Jun 2013.
- Revolusi 30 Jun 2013 merupakan tahapan mustahak dalam sejarah Ikhwanul Muslimun kerana menyebabkan guncangan besar dalam struktur organisasi dan administratif mereka, yang saat ini berada dalam lingkaran setan stagnasi, kejumudan, dan kekosongan, yang terwujud dalam munculnya celah dan ketidaksepakatan antara para pemimpin mengenai masa depan Ikhwan, dan bagaimana mereka boleh membina semula organisasi tersebut. Tidak ada indikasi bahawa organisasi tersebut boleh berkumpul kembali, mengingat jamaknya isolasi yang mereka alami di dalam dan luar negara.
- Selama tahun-tahun mereka berkuasa, Ikhwanul Muslimun di Mesir mengikuti contoh eksperimen Parti Keadilan dan Pembangunan Turki (AKP) dalam mengendalikan sendi-sendi negara. Hal ini juga diilhami oleh pengalaman Pengawal Revolusi Iran dalam membina perkhidmatan keselamatan yang sejajar dengan negara.
