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穆斯林兄弟会的组织建设，其机构和行政的框架对其领导层而言极为特殊，也是其重要的一个工具，因为从一方面来说，该组织在社会上能以该工具诠释其诸多原则和思想，从另一方面而言，该组织在获得权力并加以巩固时，能以该工具执行其政治计划。
自成立伊始，穆兄会一直热衷于将组织架构与意识形态方面相联系，因为穆兄会意识到保持这种结构的凝聚力和其连续性需要相信其号召的意识形态和所倡导的价值观。另一方面，穆兄会在其组织建设和具体行动中热衷于确保其总指导师的核心角色，根据其导师所具备的领导魅力和特点及其对其成员的影响来看，尽管这一角色的性质在从一个导师转向另一个导师时产生不同也罢。
同时，穆兄会依靠包括各办公室、委员会和部门在内的组织单位，通过将社会问题列为特别优先事项来巩固其对社会的渗透，这使穆兄会拥有一个可操作的社会来支持其政治计划，就像2012年埃及的立法选举和总统选举时所发生的的那样。
尽管穆斯林兄弟会利用“ 2011年1月25日的革命”来获得政权，但它未能通过执政的考验，而且很显然，其组织和行政结构无法提供能够使其在现实中行使权力的专业知识，干部和领导层。导致2013年6月30日发生了反对穆兄会执政的革命，以及随之而来的事态发展和影响导致其组织和行政结构的涣散，从而使其陷入僵化、分散和分裂。
